上海市科學技術委員會關于發布2025年度關鍵技術研發計劃“計算生物學”項目申報指南的通知
發布時間：2025-03-25 來源：上海市科學技術委員會滬科指南〔2025〕7號
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各有關單位：
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為深入實施創新驅動發展戰略，加快建設具有全球影響力的科技創新中心，根據《上海市建設具有全球影響力的科技創新中心“十四五”規劃》《上海市計算生物學創新發展行動計劃（2023-2025年）》，上海市科學技術委員會特發布2025年度關鍵技術研發計劃“計算生物學”項目申報指南。
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一、征集范圍
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專題一、生物大數據共性算法
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方向1、基因組大數據智能分析算法
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研究目標：建立基因組大數據分析的理論體系，發展獨立自主的基因組大數據挖掘算法及軟件，性能相比國際主流算法提升10%以上。
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研究內容：面向人類基因組學大數據，建立個體基因組局部祖源推斷的深度學習模型，發展人群和個體遺傳本源推斷的生成式人工智能算法，重構遺傳本源的時空網絡，揭示高度人口流動社會的遺傳結構動態演化過程。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
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方向2、微生物組學智能分析算法
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研究目標：發展獨立自主的微生物組學分析算法，相比領域內主流算法，表型關聯的核心菌群和驅動因子識別等算法的性能提升10%以上。
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研究內容：開發微生物組學數據分析挖掘的人工智能算法，完善微生物基因目錄和蛋白組成，建立健康人群微生物組學數據模擬器，開發微生物-微生物和宿主-微生物互作模型，動態預測微生物變化及其影響，揭示并驗證微生物與宿主表型關聯及其因果關系。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
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方向3、多模態空間組學數據整合算法
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研究目標：開發多模態、跨樣本空間組學數據整合算法，精準解析特定生理病理過程中的細胞時空演化規律，性能相比國際主流算法提升10%以上。
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研究內容：發展空間多模態組學數據增強、跨模態對齊與生成、空間網絡解析的智能算法，實現數據的有效降噪、整合，構建基因調控網絡及細胞通訊網絡，解析腫瘤等疾病的時空演化機制，揭示腫瘤耐藥等過程關鍵的空間結構及多細胞互作靶點。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
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方向4、生命系統調控理論與算法
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研究目標：發展細胞命運和生命節律等生命過程調控的動力學模型和定量理論，揭示復雜生命系統的調控策略，性能相比國際主流算法提升10%以上。
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研究內容：面向生命節律和細胞命運等復雜生命過程，發展定性和定量的普適理論，建立生命過程調控的動力學模型，揭示生命過程的重要調控因素和機制，發現生命系統調控的重要靶點，并在睡眠障礙等疾病診療中進行應用。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
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專題二、蛋白質設計改造
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方向1、蛋白質復合物動態結構模擬
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研究目標：開發高精度的蛋白質動態構象預測方法，提升蛋白質互作識別的動態變化解析能力，提高蛋白質-蛋白質復合物結構預測的準確性。
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研究內容：發展全原子尺度高精度分子力場，提高隱藏變構位點的發現精度，揭示變構位點的通信規律，構建包含500條以上蛋白質及復合物的長時間動力學軌跡的數據庫，系統解析蛋白質互作中的大尺度構象變化和復合物變構組裝機制；開發蛋白質及復合物動態構象精準生成AI算法，實現活性高能構象的精準高效生成，并指導動態蛋白質的精準設計。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
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專題三、AI藥物發現
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方向1、高藥效藥物設計方法開發與應用
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研究目標：針對G蛋白偶聯受體等靶點的動態調控機制，開發高藥效活性分子設計方法，發現2個以上候選藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
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研究內容：聚焦G蛋白偶聯受體等靶點的動態調控機制，利用人工智能技術建立配體-受體結合動力學優化的高藥效活性分子設計方法，實現納摩爾級親和力、小時級靶點時間停留，開發出更具臨床價值的新藥候選物。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。
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申報主體要求:本市企業，或本市高校、科研院所聯合本市企業共同申報（須掃描上傳正式合作協議）。
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方向2、靶向蛋白藥物設計方法開發與應用
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研究目標：發展靶向蛋白互作的藥物設計方法，發現2個以上候選藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
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研究內容：發展靶向蛋白之間相互作用的藥物設計體系，構建專用的化合物實體庫，開發人工智能算法實現小分子配體的從頭設計、成藥性質預測，獲得在動物模型上表現出預期活性的新型小分子候選化合物。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。
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申報主體要求:本市企業，或本市高校、科研院所聯合本市企業共同申報（須掃描上傳正式合作協議）。
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方向3、高效活體藥物篩選的定量算法開發和應用
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研究目標：開發活體成像技術和活體藥物篩選系統，提升藥物與活體動物動態行為表型的實時追蹤和關系解析能力，發現2個以上候選小分子藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
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研究內容：開發高時空分辨動物活體成像技術，建立表型藥物快速篩選體系，構建涵蓋不同藥物作用下的多參數動物表型數據庫，發展基于活體表型的藥效AI預測模型，發現具有高成藥性的候選小分子藥物。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。
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申報主體要求:本市企業，或本市高校、科研院所聯合本市企業共同申報（須掃描上傳正式合作協議）。
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方向4、中藥藥物篩選方法開發與應用
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研究目標：構建多模態中藥知識圖譜，研發中醫辨證與網絡藥理學融合的可解釋推理模型，闡明2種以上中藥組方的多維效應機制，獲得動物水平有效性評價報告。
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研究內容：建立融合中醫辨證論治和網絡藥理學的多模態中醫藥知識圖譜，開發“癥狀-化學成分-網絡靶標-通路-病證效應”的可解釋推理模型，實現中藥組方的多成分、多靶點、多通路的多維藥效機理的闡釋，并在動物水平開展驗證評價。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。
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申報主體要求:本市企業，或本市高校、科研院所聯合本市企業共同申報（須掃描上傳正式合作協議）。
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專題四、臨床應用技術
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方向1、傳染病大模型構建與應用
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研究目標：建立多模態數據驅動的傳染病大模型，提升重大傳染病的防控能力，實現對新發突發和重大傳染病防控的輔助決策，并通過預警準確、溯源一致等量化指標進行效能評價。
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研究內容：挖掘傳染病關聯的基因組學、影像學、臨床數據等多模態數據之間的潛在聯系，抽取醫學先驗知識中的邏輯規則，構建高質量傳染病數據集，開發具備強泛化性和可解釋性的知識推理傳染病大模型，實現傳染病風險識別、流調甄別、基因溯源和人群風險管理等場景的深度應用。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
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方向2、眼科大模型構建與應用
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研究目標：開發大模型知識推理算法，構建多模態眼科大模型，實現大模型輔助下的慢病精準篩查，在5家以上社區推廣應用。
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研究內容：建立多模態數據編碼、融合與對齊框架，探索慢性腎病、心腦血管等疾病在眼底數據中的表征機制，構建應用于慢病精準推理大模型，為患者提供個性化、全方位的健康評估方案，推進社區慢病智能篩查的普及。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
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方向3、兒童白血病精準診療技術開發與應用
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研究目標：通過開發個體化基因組變異分析方法，精準鑒別高危白血病患兒并進行精準干預，形成兒童白血病分子診療新范式，兒童白血病精準分型率提升25%以上。
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研究內容：發展計算分析方法，提升臨床基因組變異的個體化分析效能，通過對兒童白血病大規模臨床研究隊列組學數據的計算分析，發現新的具有明確臨床應用價值的診斷與治療新靶點，建立適用于臨床多中心應用的標準化、智能化數據集成與分析系統，形成化療、免疫治療等相結合的兒童白血病分子診療新范式。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
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專題五、前瞻性技術
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方向1、虛擬細胞技術開發
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研究目標：針對腦、心臟、肝臟等人體重要器官，構建虛擬細胞參照系和人工智能模型，支撐虛擬臨床細胞治療以及體外模擬藥物篩選。
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研究內容：基于基因組學、單細胞組學等多尺度數據，構建人體重要器官的虛擬細胞參照系和多層次基礎模型，解碼不同類型分子的協同作用對細胞命運決定的影響；模擬器官發育與病理發生發展的時空動態過程，支撐生命過程的數字再現、虛擬臨床細胞治療以及體外模擬藥物篩選。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過2個項目，每項資助額度不超過200萬元。
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方向2、AI賦能類器官技術開發
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研究目標：面向人類疾病建模、藥物篩選等應用場景，建立重大疾病的類器官構建技術，構建疾病特異性的類器官體系和體外藥物篩選系統。
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研究內容：通過整合類器官的多組學和空間轉錄組等數據，解析患者個體化類器官細胞發育譜系，實現藥物新靶點的自動化發現；開發基于類器官的體外篩藥系統，建立個體化治療的藥物篩選策略，提高類器官技術在藥物篩選、疾病機理研究等領域的應用水平。
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執行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
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經費額度：非定額資助，擬支持不超過2個項目，每項資助額度不超過200萬元。
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二、申報要求
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除滿足前述相應條件外，還須遵循以下要求：
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1.項目申報單位應當是注冊在本市的法人或非法人組織，具有組織項目實施的相應能力。
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2.對于申請人在以往市級財政資金或其他機構（如科技部、國家自然科學基金等）資助項目基礎上提出的新項目，應明確闡述二者的異同、繼承與發展關系。
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3.所有申報單位和項目參與人應遵守科研誠信管理要求，項目負責人應承諾所提交材料真實性，申報單位應當對申請人的申請資格負責，并對申請材料的真實性和完整性進行審核，不得提交有涉密內容的項目申請。
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4.申報項目若提出回避專家申請的，須在提交項目可行性方案的同時，上傳由申報單位出具公函提出回避專家名單與理由。
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5.所有申報單位和項目參與人應遵守科技倫理準則。擬開展的科技活動應進行科技倫理風險評估，涉及科技部《科技倫理審查辦法（試行）》（國科發監〔2023〕167號）第二條所列范圍科技活動的，應按要求進行科技倫理審查并提供相應的科技倫理審查批準材料。
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6.所有申報單位和項目參與人應遵守人類遺傳資源管理相關法規和病原微生物實驗室生物安全管理相關規定。
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7.已作為項目負責人承擔市科委科技計劃在研項目2項及以上者，不得作為項目負責人申報。
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8.項目經費預算編制應當真實、合理，符合市科委科技計劃項目經費管理的有關要求。
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9.每位項目負責人申報項目不超過1項。
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10.每個單位每個方向申報項目不超過1項。
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11.鼓勵項目產生的代碼提交到GitHub等學術社區共享。
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三、申報方式
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1.項目申報采用網上申報方式，無需送交紙質材料。請申請人通過“上海市科技管理信息系統”（https://svc.stcsm.sh.gov.cn）進入“項目申報”，進行網上填報，由申報單位對填報內容進行網上審核后提交。
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【初次填寫】使用“一網通辦”登錄（如尚未注冊賬號，請先轉入“一網通辦”注冊賬號頁面完成注冊），進入申報指南頁面，點擊相應的指南專題，進行項目申報；
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【繼續填寫】使用“一網通辦”登錄后，繼續該項目的填報。
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2.項目網上填報起始時間為2025年4月2日9:00，截止時間（含申報單位網上審核提交）為2025年4月22日16:30。
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四、評審方式
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采用一輪通訊評審方式。
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五、立項公示
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上海市科學技術委員會將按規定向社會公示擬立項項目清單，接受公眾異議。
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六、咨詢電話
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服務熱線：8008205114（座機）、4008205114（手機）
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上海市科學技術委員會
2025年3月25日